Según el cronista Antonio de la Calancha, la fundación de Tapacarí se habría llevado a cabo en 1563 por el cura Fray Antonio de Cepeda, lo que la convertiría en el primer pueblo establecido en la región de Cochabamba. Su desarrollo inicial estuvo marcado por la administración española, que organizó la economía local en base a la agricultura y la ganadería, aprovechando la fertilidad de sus tierras y la mano de obra indígena.
Con la llegada de la república, la provincia de Tapacarí fue creada el 23 de enero de 1826, bajo el gobierno de Antonio José de Sucre, como parte de la primera división política-administrativa de Bolivia. Esta ley dividió el departamento de Cochabamba en cinco provincias, siendo Tapacarí una de ellas, lo que le otorgó una importancia administrativa y política en el nuevo estado.
La historia de Tapacarí está marcada por varios hitos importantes. En 1781, los indígenas de la región, liderados por Tomás “Isaco” Flores y Domingo Cruz, se alzaron contra el dominio español durante el carnaval, cerrando la cadena de levantamientos promovidos por Túpac Amaru. Este movimiento, aunque reprimido, demostró la resistencia indígena en la región.
Durante la lucha por la independencia, Tapacarí contribuyó significativamente a la formación del ejército expedicionario que luchó en la Batalla de Aroma en 1810. En este contexto, el pueblo envió cinco compañías de soldados al mando de Esteban Arze, lo que subraya su papel crucial en la contienda.
Un acontecimiento significativo en la historia de Tapacarí fue el Congreso de la Confederación Perú-Boliviana, que se llevó a cabo del 14 al 18 de junio de 1836. En este congreso, se autorizó al presidente Santa Cruz a avanzar con el proyecto de federación, dando lugar a la creación de la Confederación Perú-Boliviana, un hecho que marcó un hito en la historia política de la región.
En 1896, el cacique Juan Lero, apoyado por Pablo Zárate Willka, lideró una rebelión que buscaba recuperar tierras y derechos para la población indígena. Juan Lero estableció un gobierno indígena en Tapacarí y Paria, pero este movimiento fue sofocado por el ejército liberal.
Finalmente, el Congreso Indigenal de 1945 se convirtió en un hito importante en la historia de Tapacarí, donde delegaciones de todo el país se reunieron para abordar temas de opresión y explotación que habían sufrido las comunidades indígenas a lo largo de los siglos. Este evento marcó un avance significativo en la lucha por los derechos de los pueblos originarios.
Según la creencia popular el nombre «Tapacarí» proviene del vocablo aymara quechua «Thapa Qhari,» que significa «nido de hombres.» Con su rica herencia cultural y su importancia histórica, la Villa Real de Tapacarí continúa siendo un símbolo de la resistencia y la identidad de la región.
